房屋产权证的发证机关是市（县）房地产管理局或市（县）人民政府。不动产权证的发证机关是动产登记机构由县级以上人民政府依法确定、统一负责不动产登记工作的部门。
房产证是购房者通过交易，取得房屋的合法所有权，可依法对所购房屋行使占有、使用、收益和处分的权利的证件。不动产权证书是权利人享有该不动产物权的证明。
1.性质属性差别
不动产证的出现源于不动产登记制度的建立，同时也是为了日后颁布房产税制度奠定基础。虽然在一定程度上房产证是一个很重要的证件，但不动产证是“三证合一”的产物，法律效益更高一些。不动产证可以被视为新版房产证，但房产证却不能被视为旧版不动产证。
2.颁发机构差别
3.信息内容区别
不动产登记证是房产证和土地使用权二合一的证书，上面不仅有房产证上该有的基本信息外，还有像宅基地等信息。因此，在有不动产登记证的情况下，房产证则变成了一个“附属品”。
房产证的内容仅包括房屋所有权人、共有情况、房屋坐落、登记时间、房屋性质、规划用途、房屋状况和土地状况。
不动产证上，除了权利人、共有情况、坐落位置等原来房产证内容外，还增加了镭射区、不动产单元号、使用期限等内容。其中，不动产单元号，具有少有代码，相当于证书记录的不动产在全国范围内少有的“身份证号”，通过不动产单元号就可以锁定该不动产信息。
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